| 世 代 | 住 職 名 | 住山期間 |
| 開 祖 | 無 底 良 韶 | 貞和４年（１３４８）８月２２日開山／康安元年（１３６１）６月１４日寂 |
| 二 祖 | 月 泉 良 印 | 貞治元年（１３６２）入寺／応永７年（１４００）２月２４日寂 |
| 三 祖 | 道 叟 道 愛 | 勧請三代／貞治２年（１３６３）塔頭塔主／永和元年（１３７５）９月１３日寂 |
| 三 世 | 虎 渓 良 乳 | 応永１４年（１４０７）７月入寺／応永２９年（１４２２）１１月１３日寂 |
| 四 世 | 中 山 良 用 | 虎渓嗣／永享８年（１４３６）８月１日寂 |
| 五 世 | 金 堂 妙 菊 | 中山嗣／宝徳２年（１４５０）９月１５日入寺／文明９年（１４７７）１１月７日寂 |
| 六 世 | 儀 庵 妙 順 | 金堂嗣／永正元年（１５０４）１月４日寂 |
| 七 世 | 壽 雲 良 椿 | 虎渓派儀庵嗣／永正１３年（１５１６）１月４日寂 |
| 八 世 | 嶺 休 良 鷲 | 虎渓派／天文３年（１５３４）隠居 |
| 九 世 | 虚 窓 良 巴 | 嶺休嗣／永禄２年（１５５９）１０月２７日遷化 |
| 十 世 | 源 庵 良 悦 | 虚窓嗣／永禄９年（１５６６）１０月１８日隠居／總持寺出世 |
| 十一世 | 観 室 良 盛 | 源庵嗣／天正１４年（１５８６）１１月１５日隠居 |
| 十二世 | 雄 山 良 英 | 観室嗣／天正１４年（１５８６）入寺／慶長２年（１５９７）隠居 |
| 十三世 | 葉 庵 良 奕 | 雄山嗣／慶長１８年（１６１３）６月１６日寂 |
| 十四世 | 成 巖 良 圓 | 葉庵嗣／元和９年（１６２３）１２月６日隠居 |
| 十五世 | 大 休 良 通 | 成巌嗣／寛永８年（１６３１）１０月１７日寂 |
| 十六世 | 春 嶺 良 夏 | 大休嗣／寛永８年（１６３１）１０月１８日入寺／寛永１１年６月１０日寂 |
| 十七世 | 格 翁 良 逸 | 春嶺嗣／寛永１１年（１６３４）閏７月１７日入寺／寛永１２年１１月１日寂 |
| 十八世 | 通 厳 良 達 | 格翁嗣／寛永１２年（１６３５）入寺／正保元年（１６４４）寂 |
| 十九世 | 徳 叟 良 周 | 通厳嗣／正保４年（１６４７）入寺／慶安３年（１６５０）寂 |
| 二十世 | 毒 峰 良 心 | 徳叟嗣／寛文４年（１６６４）２月２５日入寺／延宝２年２月２６日寂 |
| 二十一世 | 國 鯨 良 總 | 毒峰嗣／天和２年（１６８２）入寺／元禄３年（１６９０）退隠 |
| 二十二世 | 海 盤 良 北 | 國鯨嗣／元禄３年（１６９０）入寺／元禄１１年（１６９８）退隠 |
| 二十三世 | 定 山 良 光 | 海盤嗣／元禄１１年（１６９８）１０月５日入寺／宝永３年１１月２日退隠 |
| 二十四世 | 大 訥 良 辯 | 前願成寺徳州嗣／宝永３年（１７０６）１１月６日入寺／宝永５年（１７０８）８月退隠 |
| 二十五世 | 悟 融 良 久 | 前大乗寺徳翁良高嗣／享保９年（１７２４）退隠か？ |
| 二十六世 | 一 通 良 帰 | 悟融嗣／享保１３年（１７２８）退隠か？ |
| 二十七世 | 海 寧 良 晏 | 悟融嗣 |
| 二十八世 | 光 明 良 明 | 悟融嗣 |
| 二十九世 | 璨 瑚 良 聖 | 悟融嗣 |
| 三十世 | 東 光 良 普 | 璨瑚嗣／元文４年（１７３９）退隠か？ |
| 三十一世 | 慧 命 良 定 | 一通嗣／寛保２年（１７４２）退隠か？ |
| 三十二世 | 慧 忍 良 超 | 前大林寺海印嗣／延享３年（１７４６）退隠か？ |
| 三十三世 | 徳 州 良 忍 | 前正法寺一通良帰嗣／宝暦２年（１７５２）退隠か？ |
| 三十四世 | 徳 嶠 良 泉 | 前柳生寺良雲嗣／宝暦７年（１７５７）退隠 |
| 三十五世 | 大 東 文 雅 | 前輪王寺大渕津梁嗣 |
| 三十六世 | 雄 禅 素 英 | 前正法寺大東文雅嗣／安永２年（１７７３）８月２０日入寺／客殿（本堂）新築 |
| 三十七世 | 大 轉 慧 達 | 備中円通寺慧兢嗣／安永５年（１７７６）５月２８日入寺 |
| 三十八世 | 大 音 東 海 | 前正法寺大東文雅嗣／安永９年（１７８０）８月１２日入寺 |
| 三十九世 | 俊 巖 雅 堂 | 前正法寺大東文雅嗣／寛政２年（１７９０）７月２１日入寺 |
| 四十世 | 大 巖 雅 哲 | 前正法寺大東文雅嗣／文化３年（１８０６）３月１６日入寺 |
| 四十一世 | 大 順 雅 孝 | 前正法寺大東文雅嗣／文化６年（１８０９）１２月１日入寺 |
| 四十二世 | 白 如 玄 峰 | 前正法寺俊巖雅堂嗣／文化９年（１８１２）１１月１６日入寺 |
| 四十三世 | 天 量 惠 潭 | 前正法寺大轉慧達嗣／文政２年（１８１９）１２月１０日入寺 |
| 四十四世 | 泰 邦 良 牛 | 前宝鏡寺嗣／天保６年（１８３５）１０月入寺 |
| 四十五世 | 是 宗 良 翁 | 前円通寺文雅法孫嗣／天保９年３月２６日入寺 |
| 四十六世 | 太 宗 良 元 | 前円通寺文雅法孫嗣／天保１４年（１８４３）１２月２５日入寺 |
| 四十七世 | 日 東 良 天 | 前安養寺嗣／弘化３年（１８４６）閏５月６日入寺／元治元年（１８６４）８月２８日再住 |
| 四十八世 | 足庵霊光（増沢） | 陸前牡鹿郡梅渓寺／明治４年（１８７１）入寺 |
| 四十九世 | 堪宗泰忍（勝木） | 明治３０年代 |
| 五十世 | 雷樹泰音（栗山） | 明治末年入寺／昭和９年總持寺貫首／昭和１１年（１９３６）６月２日寂 |
| 五十一世 | 別峰物外（青山） | 昭和２３年（１９４８）２月５日寂 |
| 五十二世 | 霊海大雄（真崎） | 昭和２８年（１９５３）１月１日寂／昭和２５年（１９５０）曹洞宗地方専門僧堂となる |
| 五十三世 | 石屋道龍（細川） | 昭和４３年（１９６８）９月８日寂／ |
| 五十四世 | 真海洞龍（石橋） | 昭和５９年（１９８４）３月８日寂／昭和５７年（１９８２）新宝物庫新築 |
| 五十五世 | 得道芳髄（成田） | 昭和５９年９月１４日晋山／平成２年 本堂・庫裡・惣門 国指定重要文化財に指定 |
| 五十六世 | 紹悦興隆（大山） | 平成８年６月１４日晋山／平成８月１１月２３日惣門修復落慶 平成１６年７月２９日寂 |
| 五十七世 | 守徳大謙（町田） | 平成１０年１０月入寺／平成１１年１１月庫裡修復／平成１２年６月１４日晋山 平成１８年８月本堂修復／平成１９年５月１４日寂 |
※正法寺の住持には「正住」「輪住」「録住」「勅住」の４種類から構成されてきた。
上に記載している歴代住職一覧は、「正住」のことである。